Park CY, Hess DC, Huttenhower C, and Troyanskaya OG. (2010) Simultaneous genome-wide inference of physical, genetic, regulatory, and functional pathway components. PLoS Computational Biology 6:e1001009.
: 세포의 시스템 수준의 연구에 가장 많이 이용되는 것이 네트워크모델이며 그 중에서도 가장 보편적으로 사용되는 것이 단백질 혹은 유전자의 상호관계 네트워크이다. 하지만 현재 대부분의 유전자 네트워크들은 한가지 타입의 상호관계(예를 들면 단백질간의 물리적 접촉, 상호 조절관계 등)를 바탕으로 구축되어 왔다. 이러한 여러 가지 종류의 상호관계를 하나의 네트워크 내에 모두 포함한 모델을 만들 수 있는 새로운 방법이 제시되었다. 프린스턴 대학의 Troyanskaya 박사 연구팀은 가능한 유전자간의 상호관계를 30가지 이상으로 새로이 정의하고 이들간의 관계를 Ontology로 구축하여 Interaction Ontology라는 새로운 Ontology를 제시하였다. 생물정보학 연구에 중요한 선결과제 중의 하나가 모든 정보를 일정 어휘들로 정의하고 이들 어휘들 사이의 관계를 구축하는 것이다. 이는 컴퓨터를 이용한 정보의 프로세스와 결과의 가시화에 매우 중요한 영향을 미친다. 그러므로 이 새로운 Ontology의 제시는 네트워크 연구에 큰 의미가 있다. 또한 연구팀은 각 30가지의 상호관계에 대하여 약 3500개의 유전자발현 데이터를 Support Vector Machine (SVM)이라는 방법을 이용하여 훈련하여 30가지의 네트워크를 만들고 이들을 Bayesian network기법을 이용하여 통합하여 하나의 통합된 네트워크를 제시하고 이를 이용하여 생물학 연구에 가장 보편적으로 사용되는 곰팡이 모델인 효모의 carbon metabolism, cellular transportation등을 연구하는데 사용할 수 있음을 성공적으로 보여주었다. 이들이 개발한 네트워크는 일반 생물학자들이 사용할 수 있도록 인터넷에 무료로 공개되어있다 (http://function.princeton.edu/bioneaver/).
