Dukka BKC, and Livesay DR. (2011) Topology improves phylogenetic motif functional site predictions. Computational Biology and Bioinformatics 8:226-233.
: 단백질의 아미노산 서열만 갖고 어느 부위가 기능적으로 중요한 위치인지 예측하는 것은 생명정보학의 핵심적인 문제이다. 이에 대한 다양한 해법이 제시되었는데, post-genome 시대에 각광을 받는 것 중의 하나가 타겟 단백질군의 진화적인 계통수에 의존하는 것이다. 즉, 타겟 단백질에서 기능적으로 중요한 부위만을 가지고 계통수를 그린 것은 서열 전 부위를 가지고 그린 계통수와 유사할 것이라는 가정에 근거하는 것이다. 이를 찾기 위해서, 저자들이 이미 제안한 방법이 있는데, MINER라는 웹서비스를 통해서 접할 수 있는 것으로서, 다중정렬을 일정한 간격으로 따라가며 계통수를 반복적으로 구하여 원 계통수와 비교하는 것이다. 이 방법은 이미 개발된 지 꽤 되었고, 본 논문에서는 다양한 테스트를 통하여 이 방법의 우수성을 확인한 데 의의가 있다.
